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Les bois de Joué et de la Frappinière forment l’un des rares massifs forestiers des Mauges. Ils constituent ainsi une véritable zone refuge pour des espèces sylvestres, qu’elles soient animales ou végétales.
Parmi les animaux remarquables ayant élu domicile ici ou venant y chasser, on peut citer la Salamandre tachetée, la Pipistrelle de Nathusius, le Flambé, le Conocéphale gracieux ou encore le Pic noir. Les bois de Joué et de la Frappinière sont par ailleurs des lieux de nidifications de plusieurs espèces de rapaces.
Des plantes patrimoniales ont également été identifiées sur le site comme la Cicendie filiforme et le Peucédan de France. C'est par ailleurs le seul espace naturel sensible du département où pousse la Bruyère vagabonde. Celle-ci se rencontre dans les zones de landes. C’est une espèce menacée de disparition dans les Pays de la Loire et sa conservation y constitue un enjeu prioritaire.